使用小角X射线散射确定蛋白质结构

溶液中葡萄糖异构酶的三维形状使用SAXSpace 进行了研究。溶液中蛋白的结构与由X-射线晶体学得到的晶体结构进行了对比。

SAXS 和溶液中的蛋白质晶体学和NMR是进行生物大分子结构分析的惯用方法。小角X-射线散射(SAXS)与这两种可提供高分辨有价值信息的方法具有互补作用。与晶体学相比，SAXS具有独特的优点：SAXS可以获得溶液中蛋白质的三维结构和蛋白质的聚集情况，这对更好的理解蛋白质的生物功能是必需的。由从头计算法1得到的低分辨三维结构是对由蛋白质晶体学和NMR得到的高分辨结构不可缺少的补充信息。

实验和结果

溶解在TRIS缓冲溶液中的葡萄糖异构酶(1 % w/w)在pH为8时使用 SAXSpace进行了研究。测试时间为10分钟。图1显示了测试的数据和使用 GIFT软件去模糊化后的数据以及由从头计算法模型拟合的曲线。

溶液结构与晶体结构进行了对比。图2显示了由SAXS曲线和葡萄糖异构酶四聚体晶体结构计算得到的PDDF距离分布函数。三维模型与从PDB数据库中得到的晶体结构十分吻合。

在右图中，基于SAXS数据的从头计算法模型由白球显示，而晶体结构的骨架为彩色。 SAXS结果进一步确认该蛋白质在其自然状态下为四聚体。

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